Блин, mkv и avi - это не кодеки, а контейнеры. В них может быть засунуто видео и аудио, закодированное ЛЮБЫМИ кодеками (xvid, divx, wmv, avc).
Можно из одного контейнера в другой перепаковать фильм - это не долго будет по идее, т.к. ничего пережимать не надо. Какие программы для этого есть - я не знаю, т.к. мне это нах не надо. Если же вы хотите в avi переделывать, чтобы смотреть на стационарном плеере с поддержкой mpeg4, то тут проблема будет скорее всего, т.к. большинство фильмов в mkv бывает закодировано avc, а плееры почти никакие этот кодек не знают.
